في مكتبة جامعة الروح القدس – الكسليك، مخطوطات قديمة عن اللاهوت والاسلام، والفلسفة، والأدب، باللغة السريانية والكرشونية والآرامية اي اللغات القديمة. من المخطوطات الاسلامية: دلائل الخيرات وهي مخطوطة مزدانة برسومات ملونة، وهناك شوارق الأنوار، وهناك مخطوطتان واحدة مرسومة عن الكعبة في مكة، والثانية عن تابوت النبي محمد ومرافقيه الاثنين ابو بكر الصديق وعثمان، وهما مبهرتان وملونتان، ويعود تاريخ هاتين المخطوطتين الى السنة 1870 اي انهما قديمتان جداً، وفي المكتبة أيضًا كتب نادرة جداً، من ضمنها اول طبعة من كتاب القانون في الطب لابن سينا الذي طُبع في روما في العام 1563، ويوجد من هذا الكتاب أربع نسخ فقط في العالم، وهناك كتب قديمة وأهمها مزامير داوود النبي والملك التي طُبعت في دير قزحيا الذي يُعتبر اول كتاب طُبع في الشرق الأوسط في العام 1610 باللغة السريانية والكرشونية، وفي المكتبة أيضًا مجموعات خاصة لشخصيات من لبنان، منها مكتبة وأرشيف موريس الجميل والمكتبة الخاصة لكمال صليبي، والمكتبة الخاصة لجوزف اوغوريان.